ట్రాన్స్క్రిప్టోమిక్స్: ఓపెన్ యాక్సెస్
అందరికి ప్రవేశం

నైరూప్య

హ్యూమన్ కోడింగ్ సీక్వెన్స్‌లలో ట్రాన్స్‌పోజబుల్ ఎలిమెంట్స్ యొక్క విస్తృతమైన ఎక్సోనైజేషన్ ట్రాన్స్‌క్రిప్షన్ యొక్క బాహ్యజన్యు నియంత్రణతో అనుబంధించబడింది

అహ్సన్ హుడా మరియు పియరీ ఆర్ బుషెల్

నేపధ్యం: ట్రాన్స్‌పోజబుల్ ఎలిమెంట్స్ (TE లు) చాలా కాలంగా స్వార్థపూరితమైన లేదా వ్యర్థ DNAగా పరిగణించబడుతున్నాయి, ఇవి మానవ జన్యువు యొక్క నియంత్రణ లేదా పనితీరులో తక్కువ లేదా ఎటువంటి పాత్రను కలిగి ఉండవు. అయినప్పటికీ, మానవ జన్యువుల నియంత్రణ మరియు కోడింగ్ అవసరాలకు TEల సహకారం కోసం అనేక అధ్యయనాలు వృత్తాంతం మరియు ప్రపంచ సాక్ష్యాలను అందించినందున గత కొన్ని సంవత్సరాలుగా ఈ అభిప్రాయం సవాలు చేయబడింది. ఈ అధ్యయనంలో, మేము రెండు మానవ హెమటోపోయిటిక్ సెల్-లైన్‌ల నుండి జన్యు వ్యక్తీకరణ మరియు ఇతర సహాయక జన్యుశాస్త్ర డేటాను ఉపయోగించి TEలు విరాళంగా ఇచ్చిన కోడింగ్ సీక్వెన్స్‌ల ఇన్కార్పొరేషన్ మరియు ఎపిజెనెటిక్ రెగ్యులేషన్‌ను అన్వేషించాము: GM12878 (ఒక లింఫోబ్లాస్టాయిడ్ సెల్ లైన్) మరియు K562 (ఒక క్రానిక్ మైలోజినస్ సెల్ లైన్) . ప్రతి సెల్ లైన్‌లో, మానవ జన్యువులకు కోడింగ్ సీక్వెన్స్‌లను దానం చేస్తున్న TEల యొక్క అనేక వేల ఉదాహరణలను మేము కనుగొన్నాము. మేము రిఫరెన్స్ ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమ్ సహాయంతో మరియు లేకుండా RNA సీక్వెన్సింగ్ (RNA-Seq) రీడ్‌ల ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమ్ అసెంబ్లీని పోల్చాము మరియు TE లను వాటి కోడింగ్ సీక్వెన్స్‌లలో పొందుపరిచే జన్యువుల శాతం రెఫరెన్స్ ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమ్ అసెంబ్లీల నుండి పొందిన దానికంటే గణనీయంగా ఎక్కువగా ఉందని కనుగొన్నాము. Refseq మరియు జెన్‌కోడ్ జన్యు నమూనాలు. మేము TE డెరైవ్డ్ కోడింగ్ సీక్వెన్స్‌ల బాహ్యజన్యు నియంత్రణను ప్రదర్శించడానికి హిస్టోన్ సవరణలు క్రోమాటిన్ ఇమ్యునోప్రెసిపిటేషన్ సీక్వెన్సింగ్ (ChIP-Seq) డేటా, క్యాప్ అనాలిసిస్ ఆఫ్ జీన్ ఎక్స్‌ప్రెషన్ (CAGE) డేటా మరియు DNAseI హైపర్సెన్సిటివిటీ సైట్ (DHS) డేటాను కూడా ఉపయోగించాము. జన్యు ఉల్లేఖన డేటాబేస్‌లలో ప్రాతినిధ్యం వహించే దానికంటే TE లు గణనీయంగా ఎక్కువ శాతం కోడింగ్ సీక్వెన్స్‌లను ఏర్పరుస్తాయని మా ఫలితాలు సూచిస్తున్నాయి మరియు ఈ TE ఉత్పన్నమైన సీక్వెన్సులు రెండు సెల్ రకాల్లో వాటి వ్యక్తీకరణకు అనుగుణంగా బాహ్యజన్యుపరంగా నియంత్రించబడతాయి.