ట్రాన్స్క్రిప్టోమిక్స్: ఓపెన్ యాక్సెస్
అందరికి ప్రవేశం

నైరూప్య

ప్యూరోమైసిన్ ఎంపిక ప్రాథమిక మానవ ఎరిథ్రోబ్లాస్ట్‌ల యొక్క RNA-Seq ప్రొఫైల్‌లను గందరగోళానికి గురిచేస్తుంది

గువో RL, లీ YT, బైర్న్స్ C, మరియు మిల్లర్ JL*

ప్యూరోమైసిన్ ఎంపిక తర్వాత లెంటివైరల్ ట్రాన్స్‌డక్షన్ అనేది మానవ హేమాటోపోయిటిక్ స్టెమ్ మరియు ప్రొజెనిటర్ సెల్‌లతో సహా వివిధ రకాల కణ రకాలను ఉపయోగించి జన్యు బదిలీ మరియు వ్యక్తీకరణ ప్రయోగాల కోసం బాగా గుర్తించబడిన విధానం. విస్తృతమైన అప్లికేషన్ ఉన్నప్పటికీ, క్షీరద కణ సంస్కృతులలో బ్యాక్టీరియా ప్యూరోమైసిన్ N-ఎసిటైల్‌ట్రాన్స్‌ఫేరేస్ (పాక్) జన్యు వ్యక్తీకరణ యొక్క సంభావ్య ప్రభావాలకు సంబంధించిన పరిశోధన అసంపూర్తిగా ఉంది. ఇక్కడ ప్యూరోమైసిన్ ఎంపిక ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమ్ ప్రొఫైల్‌లను ప్రభావితం చేసే సామర్థ్యాన్ని మానవ ఎరిథ్రోపోయిసిస్ కోసం బాగా అధ్యయనం చేసిన నమూనాను ఉపయోగించి పరిశీలించబడింది. వాణిజ్యపరంగా లభించే రెండు పాక్-ఎన్‌కోడింగ్ లెంటివైరల్ వెక్టర్‌లతో ప్రసారం చేయబడిన ఆరు వయోజన ఆరోగ్యకరమైన మానవ దాతల నుండి ప్రాధమిక CD34(+) కణాలను ఉపయోగించి ప్రయోగాలు జరిగాయి మరియు ప్రసారం కాని నియంత్రణ కణాలతో పోల్చబడ్డాయి. RNA-Seq జన్యు వ్యక్తీకరణ ప్రొఫైల్‌లు భేదం యొక్క ప్రోఎరిథ్రోబ్లాస్ట్ దశలో ఉత్పత్తి చేయబడ్డాయి, తరువాత అవకలన జన్యు వ్యక్తీకరణ R-Studio సాఫ్ట్‌వేర్‌లో DEseq2తో విశ్లేషించబడింది. జన్యు వ్యక్తీకరణ ప్రొఫైల్‌లలో అంతర్-దాత వైవిధ్యం మరియు ప్రత్యేక లెంటివైరల్ వెక్టర్‌ల ట్రాన్స్‌డక్షన్ తర్వాత ప్యూరోమైసిన్ ఎంచుకున్న జనాభా మధ్య వైవిధ్యాలు 0.1% కంటే తక్కువ ఉన్న RNA గుర్తింపు స్థాయిలలో గణనీయమైన తేడాల ద్వారా వ్యక్తీకరించబడ్డాయి. అయినప్పటికీ, పాక్ జీన్ ట్రాన్స్‌డక్షన్ తర్వాత ప్యూరోమైసిన్ ఎంపిక నాన్-ట్రాన్స్‌డ్యూస్డ్ కంట్రోల్స్‌తో పోల్చినప్పుడు mRNAలో 5% పైగా గణనీయమైన మార్పులకు కారణమైంది. RNA-Seq ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమ్ ప్రొఫైల్‌ల వివరణను గందరగోళపరిచేందుకు ప్యూరోమైసిన్ ఎంపిక యొక్క సంభావ్యతను పరిగణనలోకి తీసుకోవాలని ఫలితాలు సూచిస్తున్నాయి.