జర్నల్ ఆఫ్ క్లినికల్ ట్రయల్స్
అందరికి ప్రవేశం

నైరూప్య

TCGA, GTEx మరియు GEO డేటాబేస్ యొక్క సమగ్ర విశ్లేషణ ద్వారా కొలొరెక్టల్ క్యాన్సర్‌లో రోగనిర్ధారణ మరియు రోగ నిరూపణ కోసం మిథైలేషన్ నడిచే బయోమార్కర్ల గుర్తింపు

లిచావో కావో, యింగ్ బా, జిన్ యాంగ్*, హెజీ జాంగ్*

నేపథ్యం: క్యాన్సర్ జీనోమ్ అట్లాస్ (TCGA), జెనోటైప్-టిష్యూ ఎక్స్‌ప్రెషన్ ప్రాజెక్ట్ (GTEx) నుండి DNA మిథైలేషన్ మరియు జన్యు వ్యక్తీకరణ డేటాను మైనింగ్ చేయడం ద్వారా కొలొరెక్టల్ క్యాన్సర్ (CRC)లో రోగ నిర్ధారణ మరియు రోగ నిరూపణ కోసం మిథైలేషన్ నడిచే బయోమార్కర్ల వినియోగాన్ని ఈ పని పరిశీలిస్తుంది. జీన్ ఎక్స్‌ప్రెషన్ ఓమ్నిబస్ (GEO).

పద్ధతులు: TCGA నుండి వరుసగా mRNA వ్యక్తీకరణ మరియు DNA మిథైలేషన్ డేటాను ఉపయోగించి విభిన్నంగా వ్యక్తీకరించబడిన జన్యువులు (DEGలు) మరియు విభిన్నంగా మిథైలేటెడ్ జన్యువులు (DMGలు) పరీక్షించబడ్డాయి. CRC యొక్క మిథైలేషన్ నడిచే జన్యువులు (MDGలు) మిథైల్మిక్స్ R ప్యాకేజీని ఉపయోగించి మరింతగా గుర్తించబడ్డాయి. తదనంతరం, MCGA మరియు GTEx నుండి mRNA వ్యక్తీకరణ డేటాను ఉపయోగించి రోగనిర్ధారణ అంచనా నమూనాలను స్వతంత్ర సూచికలుగా స్థాపించడానికి MDGలను రాండమ్ ఫారెస్ట్ (RF), సపోర్ట్ వెక్టర్ మెషిన్ (SVM) మరియు లాజిస్టిక్ రిగ్రెషన్ (LR) అల్గారిథమ్‌లతో విశ్లేషించారు. RF అల్గోరిథం అత్యంత అనుకూలమైనదిగా నిర్ణయించబడింది మరియు మిశ్రమ MDGలతో డయాగ్నస్టిక్ మోడల్‌ను రూపొందించడానికి ఉపయోగించబడింది, ఇది GEO నుండి GSE39582 ద్వారా ధృవీకరించబడింది. రిస్క్ స్కోర్ మోడల్‌ను స్థాపించడానికి ప్రోగ్నోస్టిక్ బయోమార్కర్లు ఉపయోగించబడ్డాయి, ఇది ఏకరూప మరియు మల్టీవియారిట్ కాక్స్ రిగ్రెషన్ విశ్లేషణల ద్వారా రూపొందించబడింది. అంతేకాకుండా, వయస్సు, లింగం మరియు కణితి దశతో సహా రిస్క్ స్కోర్ మరియు క్లినికల్ సమాచారాన్ని సమగ్రపరిచే నోమోగ్రామ్‌ను మేము నిర్మించాము మరియు ధృవీకరించాము.

ఫలితాలు: 10 MDGలలో 9 స్వతంత్ర డయాగ్నస్టిక్ ప్రిడిక్టర్‌లుగా బాగా పనిచేశాయి మరియు STK33 మరియు EPHX4 కూడా మొత్తం సర్వైవల్ (OS)తో సంబంధం కలిగి ఉన్నట్లు కనుగొనబడింది. నోమోగ్రామ్ ఫలితాలు రిస్క్ స్కోర్ మోడల్ కంటే రోగ నిరూపణకు మెరుగైన అంచనా నమూనా అని సూచిస్తున్నాయి.

తీర్మానం: CRC యొక్క రోగనిర్ధారణ మరియు రోగ నిరూపణ కోసం గుర్తించబడిన MDGలు బయోమార్కర్లుగా ఉండవచ్చని మా పరిశోధనలు సూచిస్తున్నాయి.