ట్రాన్స్క్రిప్టోమిక్స్: ఓపెన్ యాక్సెస్
అందరికి ప్రవేశం

నైరూప్య

పౌడరీ బూజు (పోడోస్ఫేరా అఫానిస్)తో ఫ్రాగారియా వెస్కాకు సోకిన తర్వాత గ్లోబల్ ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమ్ విశ్లేషణ మరియు విభిన్నంగా వ్యక్తీకరించబడిన జన్యువుల గుర్తింపు

శ్రీధర్ జంబగి, జిమ్ ఎం. డన్‌వెల్

నేపథ్యం: స్ట్రాబెర్రీ బూజు తెగులుకు కారణమైన పోడోస్ఫేరా అఫానిస్ ప్రపంచవ్యాప్తంగా గణనీయమైన ఆర్థిక నష్టాన్ని కలిగిస్తుంది.

పద్ధతులు: మొక్కల వ్యాధికారక పరస్పర చర్యలను అధ్యయనం చేయడానికి మేము డిప్లాయిడ్ స్ట్రాబెర్రీ జాతుల ఫ్రాగారియా వెస్కాను మోడల్‌గా ఉపయోగించాము. RNA-seq రెండు ప్రవేశాల నుండి ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమ్ డేటాసెట్‌ను రూపొందించడానికి ఉపయోగించబడింది, F. vesca ssp. వెస్కా హవాయి 4 (HW) మరియు F. వెస్కా f. semperflorens ఎల్లో వండర్ 5AF7 (YW) 1 d (1 DAI) మరియు 8 d (8 DAI)కి ఇన్ఫెక్షన్ తర్వాత.

ఫలితాలు: మొత్తం రీడ్‌లలో 999 మిలియన్లు (92%) F. వెస్కా జన్యువుకు మ్యాప్ చేయబడ్డాయి. ఈ లిప్యంతరీకరణలు HW మరియు YWలోని మొత్తం 23,470 మరియు 23,464 జన్యువుల నుండి వరుసగా మూడు సమయ బిందువుల నుండి తీసుకోబడ్డాయి (నియంత్రణ, 1 మరియు 8 DAI). HWలో వరుసగా 1,567, 1,846 మరియు 1,145 నియంత్రణ మరియు 1 DAI, నియంత్రణ మరియు 8 DAI, మరియు 1 మరియు 8 DAIల మధ్య అప్-రెగ్యులేటెడ్ జన్యువులను విశ్లేషణ గుర్తించింది. అదేవిధంగా, YWలో 1,336, 1,619 మరియు 968 జన్యువులు అప్-రెగ్యులేట్ చేయబడ్డాయి. అలాగే HWలో 646, 1,098 మరియు 624 డౌన్-రెగ్యులేటెడ్ జన్యువులు గుర్తించబడ్డాయి, అయితే 571, 754 మరియు 627 జన్యువులు వరుసగా మూడు సమయ పాయింట్ల మధ్య YWలో డౌన్-రెగ్యులేట్ చేయబడ్డాయి.

ముగింపు: HW మరియు YW రెండింటిలోనూ నియంత్రణ మరియు 1 DAI మధ్య భేదాత్మకంగా వ్యక్తీకరించబడిన జన్యువుల (లాగ్2 రెట్లు మార్పులు ?5) పరిశోధన ద్వితీయ జీవక్రియ, సిగ్నల్ ట్రాన్స్‌డక్షన్‌కు సంబంధించిన పెద్ద సంఖ్యలో జన్యువులను గుర్తించింది; ట్రాన్స్క్రిప్షనల్ రెగ్యులేషన్ మరియు వ్యాధి నిరోధకత ఎక్కువగా వ్యక్తీకరించబడ్డాయి. వీటిలో ఫ్లేవనాయిడ్ 3´-మోనోఆక్సిజనేస్-మోనో ఆక్సిజనేస్, పెరాక్సిడేస్ 15, గ్లూకాన్ ఎండో-1,3-?-గ్లూకోసిడేస్ 2, రిసెప్టర్-లాంటి కినాసెస్, ట్రాన్స్‌క్రిప్షన్ కారకాలు, జెర్మిన్ లాంటి ప్రోటీన్లు, F-బాక్స్ ప్రోటీన్లు, NB-ARC మరియు NBS-LRR ఉన్నాయి. ప్రోటీన్లు. స్ట్రాబెర్రీలో ఏదైనా వ్యాధికారక పరస్పర చర్యకు ఇది RNA-seq యొక్క మొదటి అప్లికేషన్.