ట్రాన్స్క్రిప్టోమిక్స్: ఓపెన్ యాక్సెస్
అందరికి ప్రవేశం

నైరూప్య

ఏరోమోనాస్హైడ్రోఫిల్లాతో సవాలు చేయబడిన హిమాలయన్ స్నో ట్రౌట్ యొక్క భేదాత్మక జన్యు వ్యక్తీకరణ

అశోక్తరు

మంచు ట్రౌట్ (స్కిజోథొరాక్స్ రిచర్డ్సోని) అధిక ఎత్తులో ఉన్న హిమాలయ ప్రాంతానికి చెందినది మరియు విస్తృత ఉష్ణ పాలనలో (0-27°C) బాగా వృద్ధి చెందుతుంది. చల్లని-నీటి చేప జాతుల అబియోటిక్ మరియు బయోటిక్ ఒత్తిడి ప్రతిస్పందనను అధ్యయనం చేయడానికి ఈ జాతులను మోడల్ జాతిగా ఉపయోగించవచ్చు. ప్రస్తుత అధ్యయనంలో, మేము ఏరోమోనాస్ హైడ్రోఫిల్లా ఛాలెంజ్డ్ (Ah+) మరియు మాక్ ఛాలెంజ్డ్ (Ar-) S. రిచర్డ్‌సోని యొక్క లివర్ ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమ్‌లను పోల్చాము. ఇల్యూమినా 2000 సీక్వెన్సింగ్ ప్లాట్‌ఫారమ్‌లో నిర్వహించిన RNA సీక్వెన్సింగ్ (2×100 bp జత-ముగింపు) ఉపయోగించి రోగనిరోధక-సంబంధిత భేదాత్మకంగా వ్యక్తీకరించబడిన జన్యువుల క్యాస్‌కేడ్‌తో జాతుల కోసం ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమ్ డేటాబేస్ అభివృద్ధి చేయబడింది. డి నోవో అసెంబ్లీ నుండి పొందిన 50,453 యూనిజెన్‌లలో, 24,464 యూనిజెన్‌లు ఉల్లేఖించబడ్డాయి, వాటిలో 82 యూనిజెన్‌లు రోగనిరోధక ప్రతిస్పందనల జన్యువులతో సంబంధం కలిగి ఉన్నాయి. Ah సమూహంతో పోలిస్తే Ah+లో 265 విభిన్నంగా వ్యక్తీకరించబడిన యూనిజెన్‌లు (189 అధిక నియంత్రణ మరియు 75 డౌన్-రెగ్యులేటెడ్) ఉన్నాయి. బ్యాక్టీరియా పాథోజెనిసిస్ సమయంలో రోగనిరోధక నియంత్రణలో పాల్గొన్న చాలా జన్యువులు బాహ్య కణ ప్రాంతం, పొర సమగ్రత, అయాన్ బైండింగ్, సిగ్నల్ ట్రాన్స్‌డక్షన్, యాంటిజెన్ ప్రాసెసింగ్ మరియు ప్రెజెంటేషన్, MHC క్లాస్ I ప్రోటీన్ కాంప్లెక్స్ మొదలైన వాటితో ముడిపడి ఉన్నాయి. ముఖ్యంగా, రోగనిరోధక ప్రతిస్పందనతో సంబంధం ఉన్న 15 యూనిజెన్‌లు మరియు 9 యూనిజెన్‌లు సిగ్నల్ ట్రాన్స్‌డక్షన్‌కు సంబంధించిన జన్యు ఒంటాలజీ నిబంధనలు బ్యాక్టీరియా సవాలు చేయబడిన సమూహంలో గణనీయంగా క్రమబద్ధీకరించబడలేదు. నాలుగు రోగనిరోధక జన్యువులు Interleukin 1β1, ప్రోస్టాగ్లాండిన్-ఎండోపెరాక్సైడ్ సింథేస్ 2a & 2b, మరియు యాంకిరిన్ రిపీట్ డొమైన్ A. హైడ్రోఫిల్లాకు వ్యతిరేకంగా చాలా చురుకుగా ఉన్నట్లు కనుగొనబడింది. ప్రస్తుత అధ్యయనం వ్యాధికారక ముట్టడి సమయంలో ఈ సంభావ్య మోడల్ చేపల పరమాణు స్థాయిలో సాధ్యమయ్యే మార్పులపై ప్రాథమిక అంతర్దృష్టిని అందిస్తుంది.