యాంటీవైరల్స్ & యాంటీరెట్రోవైరల్స్ జర్నల్
అందరికి ప్రవేశం

నైరూప్య

HIV-1 యొక్క V3 లూప్‌లో సంరక్షించబడిన GPGR సెగ్మెంట్ యొక్క కన్ఫర్మేషనల్ అడాప్టబిలిటీని పరిశీలించడానికి

సుధా శ్రీవాస్తవ మరియు మీనా కన్యాల్కర్

సమర్థవంతమైన HIV వ్యాక్సిన్‌ను రూపొందించడానికి, gp120 యొక్క హైపర్‌వేరియబుల్ ప్రాంతమైన ప్రిన్సిపల్ న్యూట్రలైజింగ్ డిటర్మినెంట్ (PND) పెప్టైడ్‌ల యొక్క సీక్వెన్స్ డైవర్సిటీ మరియు కన్ఫర్మేషన్‌ల మధ్య సంబంధాన్ని అధ్యయనం చేయడం చాలా ముఖ్యం. gp120 యొక్క రెండు శకలాలు 318-327 మరియు 315-329 PNDగా మ్యాప్ చేయబడ్డాయి మరియు వైరస్ సోకిన కణాలను చంపగల HIV-1 నిర్దిష్ట సైటోటాక్సిక్ లింఫోసైట్ కార్యకలాపాలను ప్రేరేపించగలవు. పర్యవసానంగా, gp120-V3 లూప్ నుండి ఇమ్యునోజెనిక్ ప్రాంతం యొక్క మరింత ఆర్డర్ మరియు జీవశాస్త్ర సంబంధిత ఆకృతి రూపకల్పన HIV-1 వ్యాక్సిన్ అభివృద్ధికి మరింత ప్రభావవంతమైన ఇమ్యునోజెన్‌ల రూపకల్పనలో సహాయపడుతుంది. సరైన నిర్మాణ ప్రాధాన్యతలను జ్ఞానోదయం చేయడానికి మేము ప్రధానంగా కిరీటం ప్రాంతాన్ని కలిగి ఉన్న GPGR క్రమాన్ని కలిగి ఉన్న gp120 యొక్క V3 లూప్ నుండి రెండు శకలాలు యొక్క ఆకృతీకరణ అనుకూలతను అన్వేషించాము. న్యూక్లియర్ మాగ్నెటిక్ రెసొనెన్స్ (NMR) స్పెక్ట్రోస్కోపీ మరియు మాలిక్యులర్ డైనమిక్స్ (MD) అనుకరణలు నీరు మరియు హెక్సాఫ్లోరోఅసిటోన్ (HFA) వంటి విభిన్న ద్రావణి వ్యవస్థలలోని ఆకృతిని గుర్తించడానికి ఉపయోగించబడ్డాయి. HFAలో, పెద్ద భాగం, 315-329 ద్వితీయ నిర్మాణం ఏర్పడటానికి కొంత వంపుని చూపుతుంది. V3 లూప్ యొక్క హైపర్‌వేరియబుల్ స్థితికి కారణమయ్యే ద్వితీయ నిర్మాణాన్ని సాధించడంలో భాగం యొక్క పొడవు చాలా కీలకమని ఇది సూచిస్తుంది. అయితే, నీటిలో, రెండు శకలాలు నిర్దిష్ట ఆకృతీకరణ ప్రాధాన్యతలను చూపించవు.