ఇమ్యునోథెరపీ: ఓపెన్ యాక్సెస్
అందరికి ప్రవేశం

నైరూప్య

పాన్-క్యాన్సర్‌లో TCR మరియు BCR యొక్క వైవిధ్యం మరియు భిన్నత్వం

యు-బావో చెన్*, బో లి1, వెన్-జియాంగ్ హు*, లి-డా జు*, హుయ్-జు టాంగ్, జింగ్ జాంగ్, జిన్-డాన్ గువో

పరిచయం: సీక్వెన్సింగ్ టెక్నాలజీ అభివృద్ధితో, RNA-seq మరింత ప్రజాదరణ పొందుతోంది. రోగనిరోధక కచేరీలను విశ్లేషించడానికి RNA-seq సాంకేతికతను ఉపయోగించే పద్ధతి తక్కువ నమూనా డిమాండ్, సాధారణ ఆపరేషన్ మరియు సమగ్ర సమాచారం యొక్క ప్రయోజనాలను కలిగి ఉంది.

పద్ధతులు: ఎన్‌సిబిఐలోని SRA నుండి RNA-సీక్వెన్సింగ్ డేటా డౌన్‌లోడ్ చేయబడింది, ఇందులో 79 జతల క్యాన్సర్ మరియు ప్రక్కనే ఉన్న క్యాన్సర్ రహిత కణజాల నమూనాలు, సాహిత్యం ఆధారంగా, అడాప్టర్‌లు, బార్‌కోడ్ బేస్‌లు మరియు తక్కువ-నాణ్యత స్థావరాలను తొలగించడానికి CutAdapt సాఫ్ట్‌వేర్ స్వీకరించబడింది. . రోగనిరోధక కచేరీల గ్రాహక శ్రేణులను సేకరించేందుకు MiXCR సాఫ్ట్‌వేర్ ప్యాకేజీని ఉపయోగించారు.

ఫలితాలు: పెద్దప్రేగు అడెనోకార్సినోమా, లంగ్ అడెనోకార్సినోమా, ప్యాంక్రియాటిక్ అడెనోకార్సినోమా మరియు స్టొమక్ అడెనోకార్సినోమాతో సహా నాలుగు రకాల క్యాన్సర్లలో క్యాన్సర్ మరియు సాధారణ కణజాలాల యొక్క TCR మరియు BCR సీక్వెన్స్‌లను విశ్లేషించడానికి మరియు పోల్చడానికి పబ్లిక్ డేటాబేస్ నుండి RNA-seq డేటా ఉపయోగించబడింది. వివిధ రకాల క్యాన్సర్లలో TCR యొక్క క్లోనల్ వైవిధ్యం భిన్నంగా ఉంటుందని మరియు క్యాన్సర్ కణజాలాలు మరియు ఆరోగ్యకరమైన కణజాలాల మధ్య BCR యొక్క వివిధ రకాలు స్పష్టంగా ఉన్నాయని కనుగొనబడింది. నాన్-షేర్డ్ CDR3 సీక్వెన్స్‌ల విశ్లేషణ ఆధారంగా, TRB యొక్క వైవిధ్యత యొక్క డిగ్రీ వివిధ క్యాన్సర్ రకాలు, ఒకే క్యాన్సర్ ఉన్న వివిధ వ్యక్తులు, క్యాన్సర్ కణజాలాలు మరియు ఒకే వ్యక్తి యొక్క పారా-క్యాన్సర్ కణజాలాలు. అలాగే, ఐదు ప్రధాన రోగనిరోధక చెక్‌పాయింట్‌ల జన్యువుల వ్యక్తీకరణ స్థాయిలు మరియు TCR క్లోన్‌ల గణన మధ్య పరస్పర సంబంధం వివిధ రకాల క్యాన్సర్‌లలో విభిన్నంగా ప్రదర్శించబడుతుంది.

ముగింపు: క్యాన్సర్ కణజాలాలలో రోగనిరోధక కచేరీల విశ్లేషణ మరియు COAD, LUAD, PAAD మరియు STAD యొక్క ప్రక్కనే ఉన్న క్యాన్సర్-కాని కణజాలాల విశ్లేషణ ద్వారా, TCR గణన మరియు షానన్ ఎంట్రోపీలలో అదే క్యాన్సర్ రకంలో గణనీయమైన తేడాలు కనుగొనబడలేదు. కానీ వివిధ క్యాన్సర్ రకాల్లో TCR సంఖ్యలు మరియు షానన్ ఎంట్రోపీలలో గణనీయమైన తేడాలు ఉన్నాయి. వ్యక్తిగత రోగనిరోధక కచేరీలను పొందడంలో RNA-seq విశ్లేషణ యొక్క ప్రయోజనాన్ని ఫలితాలు ధృవీకరిస్తాయి.