జర్నల్ ఆఫ్ క్లినికల్ ట్రయల్స్
అందరికి ప్రవేశం

నైరూప్య

BNAClamp రియల్-టైమ్ PCR ఉపయోగించి ఎపిడెర్మల్ గ్రోత్ ఫ్యాక్టర్ రిసెప్టర్ T790M యొక్క సున్నితమైన గుర్తింపు

ఆస్టిన్ డింకెల్, రాచెల్ A. హాఫ్‌మీస్టర్, ఆండ్రూ హకెల్బీ, ఆరోన్ S. కాస్ట్రో, మిగ్యుల్ M. కాస్ట్రో, సంగ్‌కున్ కిమ్*

ఎపిడెర్మల్ గ్రోత్ ఫ్యాక్టర్ రిసెప్టర్ (EGFR)పై ఉత్పరివర్తనలు రొమ్ము మరియు ఊపిరితిత్తుల క్యాన్సర్‌లతో సహా అనేక రకాల క్యాన్సర్‌లకు కారణమవుతాయి. EGFR యొక్క టైరోసిన్ కినేస్ డొమైన్‌పై ఒకే మ్యుటేషన్ T790M క్యాన్సర్ ఔషధాలకు ప్రతిస్పందనను సూచిస్తుంది gefitinib, ఇది అటువంటి ఔషధానికి నిరోధకత అభివృద్ధికి దారితీస్తుంది. మ్యుటేషన్‌ను గుర్తించడం క్యాన్సర్ ఔషధ చికిత్సలు అవసరమైన రోగులకు సమర్థవంతమైన చికిత్సా ఎంపికలను అందిస్తుంది. మేము బ్రిడ్జ్డ్ న్యూక్లియిక్ యాసిడ్స్ (BNA)ని ఉపయోగించి T790M మ్యుటేషన్ కోసం సులభమైన, వేగవంతమైన గుర్తింపు పద్ధతిని అభివృద్ధి చేయడానికి ప్రయత్నించాము, ఇది ఒలిగోన్యూక్లియోటైడ్‌ల యొక్క హైబ్రిడైజేషన్ అనుబంధాన్ని మెరుగుపరుస్తుంది. BNA-క్లాంప్ అని పిలువబడే మరియు వైల్డ్-టైప్ జన్యువులకు వ్యతిరేకంగా PCR ప్రతిచర్యను నిరోధించడానికి రూపొందించబడిన BNA బేస్‌లను కలిగి ఉన్న ఒలిగోన్యూక్లియోటైడ్‌లు పెద్ద సంఖ్యలో వైల్డ్-టైప్ జన్యువులతో కలిపిన ఉత్పరివర్తన జన్యువుల ఉనికిని వివరించడానికి ఉపయోగించబడ్డాయి. BNA-బిగింపుతో రియల్-టైమ్ PCR, వైల్డ్-టైప్ మరియు మ్యూటాంట్ జన్యువుల నిష్పత్తిని బట్టి PCR విస్తరణ యొక్క వివిధ స్థాయిలను గమనించడానికి అనుమతిస్తుంది. అవకాశాన్ని అన్వేషించే ప్రయత్నంలో, అనేక 13-మెర్ ఒలిగోన్యూక్లియోటైడ్ క్లాంప్‌లు వివిధ సంఖ్యల BNA బేస్‌లతో తయారు చేయబడ్డాయి. Tm విలువ విశ్లేషణ 9 BNA బేస్‌లను (BNA-క్లాంప్-9) కలిగి ఉన్న బిగింపులు వైల్డ్-టైప్ జన్యువుల నుండి ఉత్పరివర్తనను వేరు చేయడంలో అత్యంత ప్రభావవంతంగా ఉంటాయని సూచిస్తున్నాయి మరియు BNA-క్లాంప్-9ని ఉపయోగించి సున్నితత్వ పరీక్షలలో బిగింపు గుర్తించే సామర్థ్యాన్ని కలిగి ఉందని వెల్లడించింది. వైల్డ్-టైప్ జన్యువులలో T790M మ్యుటేషన్ యొక్క 0.1% లేదా తక్కువ స్థాయిలు. ఇంకా, బైండింగ్ నిర్మాణాలు మాలిక్యులర్ డైనమిక్స్ (MD) అనుకరణల ద్వారా విశ్లేషించబడ్డాయి, BNA-క్లాంప్-9 వాస్తవానికి నిర్మించిన BDNA నిర్మాణాన్ని వక్రీకరిస్తుంది. అదనంగా గొడుగు నమూనా ద్వారా, వైల్డ్-టైప్ కోసం -60 kJ/mol మరియు ఉత్పరివర్తన చెందిన జన్యువు కోసం -40 kJ/molతో ఉచిత శక్తిని బంధించడం ద్వారా పొందారు. ఈ BNA-బిగింపు మరియు రియల్ టైమ్ PCR సాంకేతికత భవిష్యత్తులో వైద్యపరంగా ముఖ్యమైన ఉత్పరివర్తనాలను గుర్తించడానికి మంచి మార్గాన్ని అందించవచ్చు.