జర్నల్ ఆఫ్ ఫిజికల్ కెమిస్ట్రీ & బయోఫిజిక్స్
అందరికి ప్రవేశం

నైరూప్య

మాలిక్యులర్ డైనమిక్స్ సిమ్యులేషన్ ఆఫ్ ప్రోటీన్స్: ఎ బ్రీఫ్ ఓవర్‌వ్యూ

సచిన్ పటోడియా, అషిమా బగారియా మరియు దీపక్ చోప్రా

MD అనుకరణ అనేది ప్రోటీన్ల నిర్మాణం మరియు వాటి జీవ విధుల యొక్క భౌతిక ఆధారాన్ని అర్థం చేసుకోవడానికి ఒక ముఖ్యమైన సాధనంగా మారింది. ప్రస్తుత దశాబ్దంలో అటామిస్టిక్ సిమ్యులేషన్ అల్గారిథమ్‌లు, ఫోర్స్ ఫీల్డ్‌లు, కంప్యూటేషనల్ మెథడ్స్ మరియు ఫెసిలిటీస్, సమగ్ర విశ్లేషణ మరియు ప్రయోగాత్మక ధ్రువీకరణ, అలాగే వైడ్ ఏరియా బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్ మరియు స్ట్రక్చరల్/సిస్టమ్స్ బయాలజీ ఫ్రేమ్‌వర్క్‌లలో ఏకీకరణతో ప్రోటీన్‌ల MD అనుకరణలో గణనీయమైన పురోగతిని మేము చూశాము. ఈ సమీక్షలో, మేము ప్రోటీన్ అనుకరణలు మరియు ఈ రంగంలో ఇటీవలి పురోగతిపై పద్దతిని ప్రదర్శిస్తాము. MD అనుకరణ ప్రోటీన్-ప్రోటీన్, ప్రోటీన్-లిగాండ్ మరియు ప్రోటీన్-న్యూక్లియిక్ యాసిడ్ పరస్పర చర్యలను అధ్యయనం చేయడానికి ఒక వేదికను అందిస్తుంది. ప్రోటీన్ అణువుల అవశేష డైపోలార్ కలపడం మరియు ఆర్డర్ పరామితిని పొందడానికి MD అనుకరణ కూడా NMR సడలింపు సమయ ప్రమాణంతో చేయబడుతుంది.