క్రిస్టియన్ గార్డే, రామరథినం హెచ్, ఎమ్మా సి జప్పే, మోర్టెన్ నీల్సన్, జెన్స్ వి క్రింగెలం, థామస్ ట్రోల్ మరియు ఆంథోనీ డబ్ల్యూ పర్సెల్
మేజర్ హిస్టోకాంపాబిలిటీ కాంప్లెక్స్ (MHC) క్లాస్ II యాంటిజెన్ ప్రెజెంటేషన్ CD4+ T-సెల్ ప్రతిస్పందనను పొందడంలో కీలకమైన అంశం. పెప్టైడ్-MHC (pMHC) పరస్పర చర్యల యొక్క ఖచ్చితమైన అంచనా హేతుబద్ధమైన టీకా రూపకల్పన కోసం ఎపిటోప్ అభ్యర్థులను నిర్వచించడంలో మూలస్తంభంగా మారింది. ప్రస్తుత pMHC ప్రిడిక్షన్ సాధనాలు, ఇప్పటివరకు, ప్రాథమికంగా ఇన్ విట్రో బైండింగ్ అనుబంధం నుండి అనుమితిపై దృష్టి సారించాయి. ప్రస్తుత అధ్యయనంలో, MHC క్లాస్ II యాంటిజెన్ ప్రెజెంటేషన్ యొక్క అంచనాకు మార్గనిర్దేశం చేయడానికి మాస్ స్పెక్ట్రోమెట్రీ ద్వారా ఉత్పత్తి చేయబడిన MHC క్లాస్ II ఎలుటెడ్ లిగాండ్‌ల యొక్క పెద్ద సెట్‌ను మేము సమీకరించాము. పిఎమ్‌హెచ్‌సి బైండింగ్ అఫినిటీ డేటాపై డెవలప్ చేసిన వాటి కంటే ఎల్యూటెడ్ లిగాండ్‌లపై డెవలప్ చేయబడిన మోడల్‌లు మెరుగ్గా ఉన్నాయని మేము నిరూపిస్తున్నాము.
ఎలుటెడ్ లిగాండ్ మరియు pMHC అఫినిటీ డేటాను ఒకే ప్రిడిక్షన్ మోడల్‌లో కలపడం ద్వారా ప్రిడిక్టివ్ పనితీరును మరింత మెరుగుపరచవచ్చు. ఇంకా, లిగాండ్ డేటాను చేర్చడం ద్వారా, MHC క్లాస్ II యొక్క పెప్టైడ్ పొడవు ప్రాధాన్యతను ప్రిడిక్షన్ మోడల్ ద్వారా ఖచ్చితంగా తెలుసుకోవచ్చు. చివరగా, ఎలుటెడ్ లిగాండ్‌ల బాహ్య డేటాసెట్‌లో మా మోడల్ ప్రస్తుత స్టేట్ ఆఫ్ ది ఆర్ట్ ప్రిడిక్షన్ మెథడ్, NetMHCIIpanని గణనీయంగా అధిగమిస్తుందని మరియు CD4+ T-సెల్ ఎపిటోప్‌లను గుర్తించడంలో అత్యుత్తమంగా కనిపిస్తుందని మేము నిరూపిస్తున్నాము.