మెడికల్ డయాగ్నస్టిక్ మెథడ్స్ జర్నల్
అందరికి ప్రవేశం

నైరూప్య

ఫార్మాలిన్-ఫిక్స్‌డ్, పారాఫిన్-ఎంబెడెడ్ టిష్యూ నుండి DNA వెలికితీత పద్ధతుల పోలిక మరియు నిజ-సమయ PCR-ఆధారిత మ్యుటేషన్ అస్సేస్‌పై వాటి ప్రభావం

కిరణ్ టి మల్హోత్రా, ఉదయ్ గులాటి, బోనీ బల్జర్ మరియు హెలెన్ వై వు

వ్యక్తిగతీకరించిన క్యాన్సర్ కేర్ యొక్క ఈ కొత్త యుగంలో, సోమాటిక్ మ్యుటేషన్ల కోసం పరమాణు పరీక్ష అనేక లక్ష్య క్యాన్సర్ చికిత్సా విధానాలకు చికిత్స నిర్ణయాలలో పెరుగుతున్న పాత్రను పోషిస్తుంది. ఫార్మాలిన్-ఫిక్స్‌డ్ పారాఫిన్-ఎంబెడెడ్ టిష్యూ (FFPET) నమూనాలు అటువంటి పరీక్ష కోసం న్యూక్లియిక్ ఆమ్లం యొక్క సాధారణ మూలంగా ఉంటాయి. ఫార్మాలిన్ స్థిరీకరణ న్యూక్లియిక్ ఆమ్లాలను దెబ్బతీస్తుంది మరియు అనేక కణితి నమూనాలు చిన్నవిగా ఉంటాయి, మ్యుటేషన్ పరీక్ష కోసం తగినంత పరిమాణంలో అధిక-నాణ్యత DNA పొందడం సవాలుగా ఉంటుంది. ఈ ప్రీ-ఎనలిటిక్ వేరియబుల్స్ కారణంగా, అటువంటి నమూనా రకాల నుండి DNAను వేరుచేయడానికి ప్రామాణికమైన మరియు బాగా ధృవీకరించబడిన పద్ధతి యొక్క లభ్యత కీలకం. మేము DNA ఐసోలేషన్ కోసం విస్తృతంగా అందుబాటులో ఉన్న రెండు వాణిజ్య కిట్‌లను (రోచె మాలిక్యులర్ సిస్టమ్స్ నుండి కోబాస్ DNA నమూనా తయారీ కిట్ మరియు QIAamp DNA FFPE టిష్యూ కిట్ నుండి Qiagen) 120 FFPET నమూనాలను ఉపయోగించి అనేక రకాల కణితి రకాలను (మెలనోమా, థైరాయిడ్, కొలొరెక్టల్, ఊపిరితిత్తులు, రొమ్ము) పోల్చాము. , మరియు అండాశయ క్యాన్సర్) మరియు వివిధ DNA ఐసోలేషన్ పద్ధతుల ప్రభావాలను పరిశీలించారు BRAF, KRAS మరియు EGFR ఉత్పరివర్తనాల కోసం నిజ-సమయ PCR-ఆధారిత పరీక్షల తదుపరి పనితీరు. రెండు పద్ధతులు పోల్చదగిన న్యూక్లియిక్ యాసిడ్ పరిమాణాలను అందించినప్పటికీ, కోబాస్ పద్ధతి RNase చికిత్సకు ముందు మరియు తర్వాత DNA దిగుబడిని పోల్చడం ద్వారా నిర్ణయించిన విధంగా గణనీయంగా తక్కువ RNA (p<0.001) సహ-శుద్ధి చేయబడింది. వెలికితీసిన DNAలో RNA ఉనికిని నిజ-సమయ PCR-ఆధారిత మ్యుటేషన్ పరీక్షలలో ఆలస్యం థ్రెషోల్డ్ సైకిల్ (Ct)తో సంబంధం కలిగి ఉంటుంది. RNase చికిత్స యొక్క అదనపు దశ అవసరం లేకుండా నిజ-సమయ PCR మ్యుటేషన్ డిటెక్షన్ పరీక్షల కోసం కోబాస్ పద్ధతి స్థిరంగా కణితి రకాలు మరియు నమూనా పరిమాణాల పరిధిలో శుద్ధి చేయబడిన DNA యొక్క తగినంత పరిమాణాన్ని అందించింది.