జర్నల్ ఆఫ్ క్లినికల్ అండ్ సెల్యులార్ ఇమ్యునాలజీ
అందరికి ప్రవేశం

నైరూప్య

మానవ జనాభా కోసం తక్కువ, మధ్యస్థ మరియు అధిక-రిజల్యూషన్ HLA టైపింగ్ టెక్నాలజీల తులనాత్మక విశ్లేషణలు

మలాలి గౌడ, శీతల్ అంబర్దార్, నూతన్ డిఘే, అశ్విని మంజునాథ్, చందన శంకరలింగు, ప్రదీప్ హిరన్నయ్య, జాన్ హార్టింగ్, స్వాతి రనడే, లతా జగన్నాథన్ మరియు సుధీర్ కృష్ణ

హ్యూమన్ ల్యూకోసైట్ యాంటిజెన్ (HLA) ఎన్‌కోడింగ్ జన్యువులు హ్యూమన్ క్రోమోజోమ్ 6లోని ప్రధాన హిస్టోకాంపాబిలిటీ కాంప్లెక్స్ (MHC)లో భాగం. ఈ ప్రాంతం మానవ జన్యువులోని అత్యంత పాలీమార్ఫిక్ ప్రాంతాలలో ఒకటి. అవయవ/కణజాల మార్పిడి సమయంలో దాత మరియు గ్రహీతతో సరిపోలడానికి HLA అల్లెలిక్ పాలిమార్ఫిజమ్‌ల గురించి ముందస్తు జ్ఞానం వైద్యపరంగా ముఖ్యమైనది. వివిధ అంటు వ్యాధులు, జన్యుపరమైన రుగ్మతలు మరియు స్వయం ప్రతిరక్షక పరిస్థితులకు రోగనిరోధక ప్రతిస్పందనలను అంచనా వేయడంలో కూడా HLA అల్లెలిక్ సమాచారం ఉపయోగపడుతుంది. భారతదేశం ఒక బిలియన్ మందికి పైగా ప్రజలను కలిగి ఉంది మరియు దాని జనాభా HLA అల్లెలిక్ వైవిధ్యం కోసం ఉపయోగించబడలేదు. ఈ అధ్యయనంలో, సీక్వెన్స్-స్పెసిఫిక్ ప్రైమర్‌లు (SSP), NGS (రోచె/454) మరియు సింగిల్-మాలిక్యూల్ సీక్వెన్సింగ్ (PacBio RS II) ప్లాట్‌ఫారమ్‌లను ఉపయోగించి మేము దక్షిణ భారత జనాభా కోసం మూడు HLA టైపింగ్ పద్ధతులను అన్వేషించాము మరియు పోల్చాము. దక్షిణ భారత జనాభాలోని ప్రధాన HLA యుగ్మ వికల్పాలను గుర్తించడానికి SSP పద్ధతిని ఉపయోగించి 1020 కంటే ఎక్కువ DNA నమూనాలు తక్కువ రిజల్యూషన్‌తో టైప్ చేయబడ్డాయి. ఈ అధ్యయనాలు రోచె/454 సీక్వెన్సింగ్ సిస్టమ్‌పై ఎక్సోనిక్ సీక్వెన్స్‌ల ఆధారంగా 80 నమూనాల మీడియం రిజల్యూషన్ HLA టైపింగ్ మరియు క్లాస్ I జన్యువుల HLA యుగ్మ వికల్పాల కోసం 8 నమూనాల హై-రిజల్యూషన్ (6-8 అంకెల) టైపింగ్‌తో అనుసరించబడ్డాయి (HLA-A, B మరియు C) మరియు క్లాస్ II జన్యువులు (HLA-DRB1 మరియు DQB1) PacBio RS II ప్లాట్‌ఫారమ్‌ను ఉపయోగిస్తాయి. SMRT సాంకేతికత ద్వారా అందించబడిన లాంగ్ రీడ్‌లు, పూర్తి-నిడివి తరగతి I మరియు క్లాస్ II జన్యువులు/యుగ్మ వికల్పాలను అనువదించని ప్రాంతాలు, ఎక్సోన్‌లు మరియు ఇంట్రాన్‌లతో సహా పక్కపక్కనే రీడ్‌లలో కవర్ చేస్తాయి, ఇవి దశలవారీ SNP సమాచారాన్ని అందించాయి. మేము రోచె 454 సీక్వెన్సింగ్ ద్వారా ధృవీకరించబడిన PacBio డేటా నుండి మూడు నవల యుగ్మ వికల్పాలను గుర్తించాము. భారతీయ జనాభా కోసం రెండవ మరియు మూడవ తరం NGS సాంకేతికతలను ఉపయోగించి HLA టైపింగ్ యొక్క మొదటి కేస్ స్టడీ ఇది. PacBio ప్లాట్‌ఫారమ్ అనేది భారతదేశంలో ఉపయోగించబడని జాతి జనాభా కోసం HLA డేటాబేస్‌ను ఏర్పాటు చేయడానికి పెద్ద-స్థాయి HLA టైపింగ్ కోసం ఒక మంచి వేదిక.