జర్నల్ ఆఫ్ క్లినికల్ అండ్ సెల్యులార్ ఇమ్యునాలజీ
అందరికి ప్రవేశం

నైరూప్య

నార్త్-వెస్ట్ ఇండియాలోని హై రిస్క్ గ్రూపులలో HIV ట్రాన్స్‌మిషన్ ప్యాటర్న్ యొక్క ఫైలోజెనోమిక్ విశ్లేషణ

చందర్ కాంత చౌహాన్, PVM లక్ష్మి1, ఫులేన్ శర్మ, వివేక్ సాగర్, అమన్ శర్మ, సునీల్ K. అరోరా, రాజేష్ కుమార్*

నేపథ్యం: HIV ట్రాన్స్‌మిషన్ నెట్‌వర్క్‌లను గుర్తించడం కోసం మాలిక్యులర్ టెక్నిక్‌లు ఎపిడెమియోలాజికల్ పరిశోధనల శక్తిని పెంచుతాయి. ఈ సమాచారం HIV ప్రసార నివారణకు వ్యూహాలను అభివృద్ధి చేయడానికి ఉపయోగపడుతుంది. అందువల్ల, ఫైలోజెనోమిక్ పద్ధతులను ఉపయోగించి వాయువ్య భారతదేశంలోని హై-రిస్క్ గ్రూప్‌లలో (HRGs) కొత్తగా నిర్ధారణ అయిన HIV కేసులలో ప్రసార విధానాలపై మేము ఒక అధ్యయనం చేసాము.

పద్ధతులు: పరిమిత యాంటిజెన్ అవిడిటీ అస్సేను ఉపయోగించి ఇటీవలి ఇన్ఫెక్షన్స్ టెస్టింగ్ అల్గారిథమ్ (RITA) ద్వారా గుర్తించబడిన ఇటీవల సోకిన HRGల యొక్క యాదృచ్ఛికంగా ఎంచుకున్న 37 నమూనాలలో ఫైలోజెనోమిక్ విశ్లేషణ జరిగింది. పోల్ జీన్ (540 బేస్ జతలు) యొక్క రివర్స్ ట్రాన్స్‌క్రిప్టేజ్ ప్రాంతం యొక్క విస్తరణ మరియు సీక్వెన్సింగ్ జరిగింది. HIV లాస్ అలమోస్ డేటాబేస్ నుండి రిఫరెన్స్ సీక్వెన్సులు సంగ్రహించబడ్డాయి. పోల్ సీక్వెన్స్ యొక్క ఫైలోజెనోమిక్ విశ్లేషణ ఆధారంగా క్లస్టల్ W మరియు HIV-1 సబ్టైప్ ద్వారా సమలేఖనం చేయబడిన సీక్వెన్సులు నిర్ణయించబడ్డాయి. MEGA (వెర్షన్ 11.0) ఉపయోగించి ఫైలోజెనెటిక్ చెట్లు నిర్మించబడ్డాయి.

ఫలితాలు: అధ్యయనం RTFSWCHD మరియు RTFSWPB007 క్లస్టర్‌లను వేరు చేస్తుందని మరియు భారతీయ రిఫరెన్స్ సీక్వెన్స్‌లు AY746371 మరియు EU683781 మరియు నేపాల్ సీక్వెన్స్ KX430115తో సంబంధం కలిగి ఉన్నాయని ఫైలోజెని స్పష్టంగా వర్ణిస్తుంది. ఇతర అధ్యయనం ఐసోలేట్‌లు (RTF001,CHRTF010 RTFSWCHD002, RTFSWPB006, RTFSWHR008, RTFSWHR009) ఇతర రిఫరెన్స్‌లతో ఎలాంటి ఇంటర్‌లింక్ లేకుండా తమలో తాము ప్రత్యేకంగా క్లస్టర్ చేయబడింది. ఒక స్టడీ ఐసోలేట్ (RTFSWHP004) జింబాబ్వియన్ ఐసోలేట్ AY998351తో సన్నిహితంగా ఉంది. అధ్యయనం MSMCHD005 క్లాడ్‌లను భారతీయ సూచనలతో (DQ838761, EU683781మరియు AY746371) విడిగా వేరుచేస్తుందని ఫైలోజెని చూపిస్తుంది, అయితే చైనా (HG421606, JQ658754), నేపాల్ (230JN26) నుండి వచ్చిన రిఫరెన్స్‌లకు కూడా ఇది చాలా దగ్గరి సంబంధం కలిగి ఉంది. JN223183, KC913773). ఇతర అధ్యయన ఐసోలేట్‌లు (MSMCHD003, MSMHP007, MSMCHD004, MSMPB001, MSMPB002 మరియు MSMHR006) ఒకదానికొకటి చాలా పరస్పర సంబంధం కలిగి ఉంటాయి మరియు కలిసి ఒక ప్రత్యేక ప్రత్యేకమైన క్లాడ్‌ను ఏర్పరుస్తాయి. పరిణామ వృక్షం ప్రస్తుత అధ్యయనం నుండి అన్ని శ్రేణులు ఒక మోనోఫైలేటిక్ వంశాన్ని ఏర్పరుచుకున్నాయని చూపిస్తుంది, అనగా, భారతదేశం నుండి వచ్చే సీక్వెన్సులు మరే ఇతర దేశంలోని సీక్వెన్స్‌ల కంటే ఎక్కువగా కలిసి ఉంటాయి. అధ్యయన శ్రేణులు నేపాల్ సూచనలు KX430115 మరియు JN023035కి మాత్రమే సంబంధాన్ని చూపించాయి. దక్షిణాఫ్రికా, UK, నార్వే, చైనా మరియు మయన్మార్ రిఫరెన్స్‌లు విడివిడిగా వర్గీకరించబడ్డాయి.

ముగింపు: మాలిక్యులర్ ఎపిడెమియోలాజిక్ పద్ధతులు ప్రసార నెట్‌వర్క్‌లను బహిర్గతం చేయగలిగాయి; అందువల్ల, ప్రసార నెట్‌వర్క్‌లను పర్యవేక్షించడానికి HIV సెంటినెల్ నిఘాలో ఫైలోజెనోమిక్ పద్ధతులను ఉపయోగించవచ్చు.