బయాలజీ & మెడిసిన్లో అధునాతన సాంకేతికతలు
అందరికి ప్రవేశం

నైరూప్య

హెపటైటిస్ సి వైరస్ జీనోమ్ 3'-అనువదించని ప్రాంతంలో ఉన్న సింగిల్-స్ట్రాండ్ మరియు డబుల్-స్ట్రాండ్ RNA మూలకాల యొక్క సిటు స్థానికీకరణ కోసం ఒక పద్ధతి

ఎలోడీ రాన్స్, జింగ్ హు, జెరోమ్ ఇ టాన్నర్ మరియు కరోలిన్ అల్ఫియరీ

ద్వితీయ మరియు తృతీయ నిర్మాణాలను పరిష్కరించగల సామర్థ్యం, ​​RNA వైరస్‌ల జన్యువులో వాటి స్థానిక స్థితిలో ఉన్నట్లుగా, ఈ వైరస్‌ల ప్రతిరూపణ ప్రక్రియను వివరించడంలో ముఖ్యమైన మొదటి అడుగు. హెపటైటిస్ సి వైరస్ (HCV) జన్యువు ఒకే (+) స్ట్రాండ్ RNAతో కూడి ఉంటుంది, దీని ప్రతిరూపణ ప్రధానంగా 3'-అనువదించని ప్రాంతం (3'UTR) ద్వారా నియంత్రించబడుతుంది. 3'UTR జన్యురూపం-నిర్దిష్ట వేరియబుల్ రీజియన్ (VR), పాలీ (U/UC) పునరావృతం మరియు X-టెయిల్ అని పిలువబడే సంరక్షించబడిన 98-బేస్ సీక్వెన్స్‌ను కలిగి ఉంటుంది. ఇన్ విట్రో బయోకెమికల్ విశ్లేషణ నుండి 3'UTR యొక్క నిర్మాణ నమూనాలు ప్రతిపాదించబడినప్పటికీ, కణాంతర వాతావరణంలో ఉన్న పూర్తి-నిడివి వైరల్ జన్యువులో భాగంగా దాని స్థానిక నిర్మాణం అనిశ్చితంగా ఉంది. పూర్తి-నిడివి గల జన్యువు యొక్క 3'UTR లో ఉన్న స్థానిక డబుల్-స్ట్రాండ్ (ds) మరియు సింగిల్-స్ట్రాండ్ (ss) RNA నిర్మాణాలను మ్యాప్ చేయడానికి ఒక సాధనంగా , మేము సైట్-డైరెక్ట్ చేయబడిన RT-qPCRతో కలిపి సిటు కెమికల్ ట్యాగింగ్‌లో ప్రదర్శించాము. . VR-poly (U/UC) రిపీట్ సీక్వెన్స్‌లలో ssRNA ప్రధానంగా ఉందని ఫలితాలు సూచిస్తున్నాయి, అయితే dsRNA మూలకాలు X-టెయిల్‌కు పరిమితం చేయబడ్డాయి. సిటు కెమికల్ ట్యాగింగ్‌లో 3'UTR వెలుపల ఉన్న సీక్వెన్స్‌లలో కొంత భాగాన్ని కలిగి ఉన్న VR-poly (U/ UC) రిపీట్ రీజియన్‌లో ఉన్న ప్రత్యేకమైన dsRNA మూలకం కూడా గుర్తించబడింది. ఇక్కడ వివరించిన ఫలితాలు HCV జన్యువు యొక్క 3'UTR సీక్వెన్స్‌లో ఉన్న సెకండరీ స్ట్రక్చర్‌లను సిటు ప్రోబింగ్ మరియు డిటెక్షన్‌లో మొదటి నివేదికగా ఏర్పరుస్తాయి. లక్ష్యం చేయబడిన RNA యొక్క ట్రేస్ మొత్తాలను విస్తరించడానికి PCRతో కలిపి dsRNA మరియు ssRNA లను గుర్తించడానికి కణాంతర RNA సవరించే ఏజెంట్‌ల ఉపయోగం సంక్లిష్ట కణాంతర RNAలలోని స్థానిక ద్వితీయ నిర్మాణాలను మ్యాపింగ్ చేయడంలో సంభావ్య అనువర్తనాన్ని కలిగి ఉంది.